39度高烧多久会有危害，与年龄有关。婴幼儿存在39度高烧在半小时以上可能会造成一定的危害，对成年人来说，可能体温超过39度持续超过24小时会造成危害。

由于婴幼儿年龄较小，中枢神经系统发育不成熟，在出现39度高烧时，持续超过半小时，有可能会引起高热惊厥，会使大脑功能出现异常。

由于成年人体质较好，机体免疫力较高，在短期内造成的影响不大，高烧超过24小时，可能会导致植物神经功能紊乱，引起头晕、头痛、乏力等症状，严重时还可能会引起感染性休克。

因此无论是婴幼儿还是成年人，在出现39度高烧的情况后，都应及时就医进行检查，谨遵医嘱，合理应用药物进行治疗，防止引起严重危害。